• • Mokykla pradėta statyti 1984 m. ir, sparčiai vykstant statybos darbams, baigta – 1986 m. Pavadinta Kelmės 3-iąja vidurine mokykla. Pirmaisiais mokslo metais mokykloje buvo 34 klasės, mokėsi 1026 mokiniai ir dirbo 56 mokytojai, veikė 50 būrelių, iš jų 12 sporto. Pradėjo dirbti mokyklos biblioteka. Nuo pat jos įkūrimo mokyklai vadovauja direktorius Edvardas Janavičius.
  • Pagrindinė mokyklos nuostata – per gerus mokytojų ir mokinių santykius siekti gerų ugdymo rezultatų.
  • 1992 m. buvo atidaryta pirmoji humanitarinė klasė. Tais pačiais metais mokykloje pradėta sustiprintai nuo antros klasės dėstyti anglų kalbą. Moksleivius moko viena anglų kalbos mokytoja metodininkė ir 7 vyr. mokytojai. Be anglų kalbos mokiniai mokosi vokiečių ir rusų kalbų. Mokytoja ekspertė Eglė Tutinienė už savo parašytus rusų kalbos vadovėlius apdovanota respublikine premija.
  • Nuo 1993 m. įkurtos dar dvi dešimtos humanitarinės klasės.
  • Nuo 1995 m. mokyklos profilis – humanitarinis. Mokykla dalyvavo eksperimente su Danijos mokytojais „Psichologinio klimato gerinimas mokykloje“.
  • Nuo 1996 metų leidžiami mokyklos laikraščiai. Pradinių klasių mokiniai redagavo „Aukuriuką“, o vyresniųjų klasių mokiniai – „Krivūlę“.
  • 1997 m. mokyklos 10 -mečiui paminėti įkurtas muziejus, kuriam vadovo mokytojos Janina Každailienė ir Roma Masiulienė, vėliau Irena Gedvygienė (Dabar Virginija Balabonienė). Lituanistės V.Gliaudienės rūpesčio dėka sukurtas mokyklos filmas.
  • Nuo 1997–98 m. m. mokykloje įkurta gamtamokslinė klasė.
  • Nuo 1997 m. gruodžio mėn. mokykla priimta į UNESCO (pasaulinės švietimo, mokslo ir kultūros organizacijos) asocijuotų mokyklų tinklą.
  • Tais pačiais metais mokykloje pradedamas įgyvendinti pasaulinis sveikatos organizacijos Europos regiono biuro, Europos bendrijos, Europos tarybos remiamas projektas „Sveika mokykla“. Dalyvauja tarptautinėse programose „Paauglio žvaigždė“, „Pokyčiai“ ir t. t.
  • 1998 m. rugpjūčio 1 d. mokyklai suteikiamas „Aukuro“ vardas. Mokyklos kieme stovi X abiturientų laidos pastatytas aukuras, prie kurio vyksta mokyklos šventės ir paminėjimai.
  • Nuo 1999–2000 m. m. mokykloje buvo vykdomas profilinio mokymo eksperimentas, mokiniai rinkosi humanitarinio profilio, šiuolaikinių kalbų, lituanistinę ar socialinių mokslų pakraipą ir realinio profilio gamtamokslinę, ekonomikos pakraipą.
  • 1999 m. mokykloje vyko respublikinis seminaras UNESCO statusą turinčioms mokykloms.
  • Nuo 1999 m. mokykla dalyvauja tarptautiniuose MUNGA (Model United Nations General Assembly) – koordinatorius Anglijos mokykla ir LIFE-LINK – koordinatorius – Švedijos atstovas.
  • Nuo 2000 m. pradėti nuolatiniai mokinių ir mokytojų mainai, bendri projektai su Švedijos Sigtunos tarptautinio bakalaureato mokykla.
  • 2000 m. renkamas mokyklos moksleivių parlamentas.
  • Nuo 2001 m. kovo 1 d. mokykloje veikia interneto svetainė – www.aukuras.kelme.lm.lt
  • 2000–2001 m. m. pradėti kultūriniai mainai su Gento Edugo de Toren gimnazija (Belgija).
  • 2001 m. spalio mėn. mokykla šventė savo gyvavimo 15 – metį.
  • 2002—2007 m. mokykloje organizuojamas rajoninis kasmetinis moksleivių pateikčių rengimo su PowerPoint programa konkursas.
  • Nuo 2002 m. mokykloje susiformavo aktyviai dirbanti Specialiojo ugdymo komisija
  • 2001–2004 m. mokyklos bedruomenė dalyvauja SOCRATES programos Comenius 1 projekte „Vietovių ir tradicijų tyrinėjimas per IKT, vaidinamuosius ir vaizduojamuosius menus“ kartu su Jungtinės karalystės, Švedijos, Austrijos, Italijos mokyklų mokytojais ir mokiniais.
  • 2003 m. mokykla gavo Europos pažymėjimą.
  • 2003 m. mokykla tapo pasaulinio tinklo „Sveika mokykla“ nare.
  • Nuo 2003 m. dalyvaujame suaugusiųjų švietimo projekte Grundtvig 2 „Besišypsantys veidai: Europietiškas studijų krepšelis“.
  • 2003–2005 m.m. mokykla dalyvauja ŠMM aprobuotame anglų kalbos integravimo į dalyko dėstymą projekte.
  • 2004 m. liepos mėnesį mokykloje vyko vasaros poilsio stovykla – respublikiniai anglų kalbos kursai. Dalyvavo 14 dėstytojų iš JAV ir vienas iš Anglijos.
  • 2004 m. mokykloje įkurtas intranetas – www.kelmesaukuras.lt
  • Nuo 2004 m. anglų kalbos mokytojai dalyvauja SOCRATES programos suaugusiųjų švietimo Grundtvig projekte „Europos kalbų mokytojai suaugusiųjų mokyme“.
  • Mokyklos mokytojų vizitai Švedijoje, Didžiojoje Britanijoje, Austrijoje, Belgijoje, Šiaurės Airijoje, Kipre, Vokietijoje, Suomijoje, Danijoje. Olandijoje.
  • Pažintiniai vizitai – Prancūzija, Italija, Olandija, Austrija, Didžioji Britanija, Vengrija, Šveicarija.
  • Nuo 2005 m. vasario 22 d. Kelmės „Aukuro“ vidurinė mokykla dalyvauja Tarptautinio Aplinkosauginio fondo (FEE) – aplikosauginį sąmoningumą ir demokratiją skatinančioje Gamtosauginių mokyklų programoje. Veiklą mokykloje koordinuoja biologijos mokytoja metodininkė D. Butkuvienė.
  • Nuo 2005 m. dalyvaujame respublikiniame projekte „Proveržis“.
  • 2006 m. gegužės 19 d. Mokykla apdovanota Žaliąja vėliava ir tarptautin ių Aplinkosauginio švietimo fondo sertifikatu.
  • Nuo 2006 m. rugpjūčio 25 d. mokyklai pradėjo vadovauti direktorė Asta Zavadskienė.
  • 2006 m. mokykla šventė 20–ąjį jubiliejų.
  • Nuo 2006 m. dalyvaujame respublikiniame projekte „Drąsinkime ateitį“.
  • 2006-09-21-25 mokykloje vyko tarptautinis projektas „Colour4kids“
  • Nuo 2006 m. mokykla dalyvauja Tarptautiniame Olandijos – Lietuvos bendradarbiavimo projekte „Spalvos vaikams“. Dalyviai: 6-12 kl. Koordinatorė D.Viliūnienė.
  • 2007 m. gegužės 18 d. Mokykla antrąkart apdovanota Žaliąja vėliava ir tarptautin ių Aplinkosauginio švietimo fondo sertifikatu.
  • Nuo 2007 m. rugsėjo 1d. prie mokyklos prijungtas Paprūdžių pradinio ugdymo skyrius
  • 2007-2009 m. mokykla dalyvauja ŠMPF Comenius partnerystės projekte „Skraidantys kilimai ir kilimėliai…“. Šalys partnerės: Turkija, Anglija. Dalyviai 7-8 kl. Koordinatorė D.Viliūnienė
  • 2007-2008 ir 2008/2009 m.m. mokykla dalyvauja Pielitinio ugdymo projekte „Valstybės ir tautos reikšmingų įvykių įprasminimas Kelmės rajono mokyklose“. Išleisti du leidiniai su renginių scenarijais. Koordinatorė J.Každailienė.
  • 2008-2009 m. mokykla dalyvauja tarptautiniame istoriniame projekte „Politiniai įvykiai ir šeimų likimai (1941-2008 m.)“ su Dermbach (vokietija) pagrindine mokykla. Dalyviai 7-11 kl. Koordinatorė V.Truncienė.
  • 2008 m. birželio 3 d. Mokykla trečiąkart apdovanota Žaliąja vėliava ir tarptautinės gamtosauginio mokyklų programos sertifikatu.
  • 2008 m. gegužės 6 d. mokykla apdovanota padėkos raštu už dalyvavimą aplinkosauginiame konkurse „Vartok atsakingai, saugok save ir savo aplinką“. Vadovė D.Butkuvienė.
  • 2008 m. birželio 5d. mokykla apdovanota padėkos raštu už dalyvavimą Respublikiniame aplinkosaugos konkurse „Ekologinė abėcėlė 2008“. Vadovė D.Butkuvienė
  • 2009 m. gegužės 28 d. ŠMPF Comenius partnerystės projekto „Skraidantys kilimai ir kilimėliai…“ uždarymas. Šalys partnerės: Turkija, Anglija, Lietuva.
  • 2009 m. birželio 6 d. mokykla ketvirtąkart apdovanota Žaliąja vėliava
  • Nuo 2009 m. rugsėjo 1d. panaikintas „Aukuro“ vidurinės mokyklos Paprūdžių pradinio ugdymo skyrius.
  • Nuo 2009 m. rugsėjo 17d. pradėti „Aukuro“ vidurinės mokyklos rekonstravimo darbai, pagerinant jos energetines charakteristikas (I,II etapai)“ pagal Lietuvos 2007-2013 metų Europos Sąjungos struktūrinės paramos panaudojimo strategiją ir Sanglaudos skatinimo veiksmų programos priemonę „Viešosios paskirties pastatų renovavimas regioniniu lygiu“.
  • 2009 m. m. mokykloje modernizuotos mokytojų darbo vietos ir mokyklos biblioteka dalyvaujant mokyklų tobulinimo programoje MTP plius.
  • 2010 m. birželio 2 d. mokykla penktąkart apdovanota Žaliąja vėliava
  • 2010 metais paskirtas „Geltonasis“ mokyklinis autobusiukas.
  • Nuo 2010 metų rugsėjo 1 d. mokykloje įdiegtas e-dienynas.
  • 2010 m. mokyklos bendruomenės pritarimu įvestos mokyklinės uniformos.
  • 2010 metais mokykla dalyvauja „Antro žingsnio“ prevencinėje programoje,1-4 kl.

2010 metais pradėtas įgyvendinti projektas „Šeimos ir darbo įsipareigojimų derinimo priemonių įgyvendinimas“, įsteigtas vaikų dienos centras.

• Nuo 2010 m. spalio mėn. pradėti „Aukuro“ vidurinės mokyklos stadiono rekonstravimo darbai. (EEE ir norvegų finansinis mechanizmas). Užbaigti 2011 m. balandžio mėn.
• 2010 m. gruodžio 1 d. mokykloje pradėtas įgyvendinti „Lokalaus tinklo kūrimas gerinant švietimo paslaugos ir didinant pagalba specialiųjų poreikių mokiniams Kelmės rajono bendrojo lavinima mokyklose. Mokyklos partnerės: Kelmės rajono Vaiguvos Vlado Šimkaus vidurinė mokykla, Tytuvėnų gimnazija, Elvyravos pagrindinė mokykla, Pakražančio vidurinė mokykla, Kelmės „Kražantės“ pagrindinė mokykla. Projekto užbaigimas – 2012 m. liepos 22 d.
• 2011 m. gegužės 20 d. mokykloje pasodinta mokyklos 25–ečio alėją.
• 2011 m. gegužės 31 d. mokykla šeštąkart apdovanota Žaliąja vėliava.
• 2011 m. birželio 17 d. mokyklos 25–mečio alėjos atidarymas. 2011 – mokyklos jubiliejiniai metai.
• 2011 m. liepos 28 d. pradėtas įgyvendinti ESF ir LR biudžeto lėšomis finansuojamas projektas: „Valdorfo programos modelio įgyvendinimas Kelmės „Aukuro“ vidurinėje mokykloje“.
• 2012 m. gegužės 27 d. mokykla septintąkart apdovanota Žaliąja vėliava.
• 2012 metais pradinių klasių mokytojai ir vadovai dalyvavo stažuotėje Anglijoje York Steiner pagrindinėje mokykloje.
• Nuo 2012 m. rugsėjo 1 d. pradėti taikyti Valdorfo pedagogikos metodikos elementai PUG ir 1-5 klasėse.
• 2012 m. mokykla dalyvauja patyčių prevencijos programoje „OLWEUS“, 5-10 kl.
• Nuo 2012 metų dalyvaujame „Lyderių laikas 2“ neformalioje švietimo lyderystės programoje.
• 2013 metais baigta mokyklos pastato rekonstrukcija pagerinant jo energetines charakteristikas.
• 2013 m. gegužės 18 d. mokykla aštuntąkart apdovanota Žaliąja vėliava.
• Nuo 2013 m. rugsėjo 1d. mokykla reorganizuojama į Kelmės „Aukuro“ pagrindinę mokyklą.
• Nuo 2014 m. startuoja akcija „Sutikime pavasarį su tulpių žydėjimu“. Gražinama mokyklos aplinka. Akciją vyks kasmet.
• 2014 m. gegužės 22 dieną mokyklai jau devintą kartą buvo įteikta Žalioji vėliava už pasiekimus darnaus vystymosi švietimo srityje bei visuomenės aplinkosauginio vaidmens stiprinimą.
• 2014 m. mokyklai suteiktas „Olweus mokyklos“ vardas 2014-2016 mokslo metams.
• 2015 m. gegužės 20 dieną mokyklai jubiliejinį – dešimtą kartą įteikta Žalioji vėliava už pasiekimus darnaus vystymosi švietimo srityje bei visuomenės aplinkosauginio vaidmens stiprinimą.
• 2016 m. balandžio 21 d. mokykloje vyko praktinė aplinkosauginė veikla. Pasodinta 700 eglaičių gyvatvorė.
• 2016 m. gegužės 23 dieną mokyklai už pasiekimus darnaus vystymosi švietimo srityje bei visuomenės aplinkosauginio vaidmens stiprinimą, įteikta vienuolikta Žalioji vėliava.
• 2016–2017 mokslo metai mokyklai – jubiliejiniai. 2017 m. gegužės 12 d. vyko mokyklos 30–ies metų jubiliejaus Padėkos koncertas „Mes augame“.
• 2017 m. gegužės 18 dieną mokyklai įteikta dvylikta Žalioji vėliava.
• 2016 m. startavo tradicinė švietėjiška savaitė tėvams „Man rūpi“, kurių metų lankosi įžymūs Lietuvos žmonės.
• 2016 – 2018 m. – tarptautinis gamtosauginis Erasmus+ projektas „Mokyklos kviečia: Nenaikinkime – mažiau vartokime“.
• 2017 m. gruodžio mėn. – 2020 m. sausio mėn. vyko ESF finansuojamas projektas „Aštuntų klasių matematikos pasiekimų gerinimas Kelmės rajono partnerinėse mokyklose“.
• 2018 m. pavasarį už aplinkosauginę veiklą mokyklai 13 kartą įteikta Žalioji vėliava.
• 2019 m. mokykla 14 kartą apdovanota Žaliąja vėliava.
• 2019 m. kovo mėn. mokykloje startavo LIONS QUEST gyvenimo įgūdžių ugdymo programa „Paauglystės kryžkelės“.
• 2019-2021 m. tarptautinis ERASMUS+ projektas „4CS’s: Learning 4 Tomorrow“.
• 2020 m. mokykla 15 (jubiliejinį) kartą apdovanota Žaliąja vėliava.
• 2021 m. gegužės 21 dieną mokykloje atidaryta patraukli, netradicinė, edukacinė erdvė – „Sveikatos takelis”.
• 2021 m. gegužės mėn. atidaryta Gamtos mokslų laboratorija.
• 2021 m. mokykla 16 kartą apdovanota Žaliąja vėliava.
• 2022 m. balandžio 19 d. vyko tradicinis rajono ugdymo įstaigų pradinių klasių meninio skaitymo konkursas „Ir žodžiai turi sparnus“.
• 2022 m. gegužės 4 d. pirmą kartą mokyklos istorijoje vyko šachmatų turnyras, skirtas mokyklos 35-mečiui. 
• 2022 m. gegužės 18 d. mokyklos kieme atvertos „Knygų namelio“ durys.
• 2022 m. gegužės 25 d. Kelmės kultūros centre įvyko tarptautinė konferencija „Mokymas ir mokymasis rytojui“, kurioje dalyvavo Erasmus + projekto „4C’s: Learning 4 Tomorrow“ dalyviai.
• 2022 m. gegužės 26 d. Kelmės kultūros centre vyko Padėkos koncertas „Dėkojame Jums“, skirtas mokyklos 35-mečiui paminėti. 
• 2022 m. spalio 13 dieną mūsų mokyklai septynioliktą kartą įteikta Žalioji vėliava ir tarptautinis gamtosauginių mokyklų programos sertifikatas. 
• 2022 m. lapkričio 15 d. mokyklos UTA (ugdymo turinio atnaujinimo) komanda lankėsi Radviliškio rajono Baisogalos gimnazijoje, pasidalino gerąja patirtimi ruošiantis įgyvendinti UTA.
• 2023 m. gegužės 5 d. tarp mokyklų partnerių, Kelmės „Aukuro“ pagrindinės mokyklos ir Dermbach pagrindinės mokyklos, buvo pasirašyta atnaujinta bendradarbiavimo sutartis.
• 2023 m. gegužės 12 d. mokykloje susitiko mūsų mokyklos jaunučių chorelio (vadovė Laima Daunienė) ir Šilutės raj. Saugų Jurgio Mikšo pagrindinės mokyklos dainininkai (vadovė Raimonda Gečienė), kurie nuo 2002 metų vykdo projektą „Mus sujungė muzika“.